绍兴元年(1131)，湖南、湖北地区盗贼蜂起，吕祉任荆湖提刑，来到之后，招降捕获有方，一年后盗贼平定。进任直秘阁，不久召他到行在。淮南宣抚使韩世忠准备出师，奏请让吕祉议军事，朝廷任命吕祉直徽猷阁，充任参议官，吕祉推辞没有到任。
绍兴三年(1133)，升任直龙图阁、知建康府。吕祉到任后，与通判府事吴若、安抚司准备差遣陈充共同商议，著作《东南防守利便》三卷上报朝廷，大概是说：“立国于东南地区，应当联络淮甸、荆、蜀成一体，现在临安地处偏僻的海边，应移居长江一带，然后才能够维系南北离散的民心。”
绍兴四年(1134)冬，金军进攻淮河地区，江左地区戒严，只有韩世忠率领精兵驻屯在高邮。金军攻陷涟水之后，攻破山阳、盱眙，于是进犯承州。吕祉上奏说“：应派兵作为韩世忠的后援。”后来援兵没到，韩世忠退保镇江。吕祉再次上奏“：把江北地区置之度外，不是朝廷任命宣抚两淮地区的本意，并且恐怕失去中原民心。只有紧急派遣诸将，并且请皇上亲率六军，才能使上下齐心协力，可以不战而胜。”于是高宗下诏亲征。高宗到达平江，金朝退兵。
绍兴五年(1135)，任命吕祉为中书门下省检正诸房文字，不久任兵部侍郎兼户部侍郎、给事中。绍兴六年(1136)，改任刑部侍郎、都督府参议军事，不久改任吏部侍郎。刘豫兵分数路入侵，当时高宗停驻平江，有人请求高宗回临安，并下令守卫长江防备海上。吕祉独自抗争说“：士气应当振作，敌人锋芒可以挫败，不能急忙后退示弱。”刘麟率十万大军，已进至濠、寿州。刘光世在合肥，想移居太平州，军队已经行动，于是命令吕祉奔驰到军前，督促刘光世回到合肥。绍兴七年(1137)，迁升兵部尚书、督府参谋军事，前往淮西安抚各军。
张浚由于刘光世坚持不战的议论，罢免他，于是命令行营左护军前统制王德任都统制，又以统制官郦琼担任王德的副手。郦琼同王德素来不和，吕祉回到朝廷，郦琼和王德互相到都督府和御史台控告对方，于是命令王德返回建康，将他的军队隶属于都督府。八月，又命令吕祉前往庐州节制各军。吕祉到庐州，郦琼等人再次控告王德。吕祉劝谕他说“：如果以为你们是对的，那是诳骗人。但张丞相只喜欢人向前，倘若能够立功，即使有很大的过错也会忽略不问，何况这点小小的嫌疑呢？我当尽力为你们辩明，保证没有其他疑虑。”郦琼等人感动泪下。
事情稍为安定，吕祉于是秘密上奏请求罢免郦琼和统制官靳赛的兵权。但属下书吏将其泄漏给郦琼，郦琼派人拦截吕祉派遣的送信人员，全部得到吕祉的奏章，郦琼十分怨恨。恰逢朝廷任命张俊为淮西安抚使，置宣抚司于盱眙；杨存中任淮西制置使，刘钅奇为副使，置于庐州；诏令郦琼赶赴行在。郦琼害怕了，于是反叛。众将早晨拜见吕祉，坐下后，郦琼从袖中取出文书，交给中军统制官张王景说：“众位将官有什么罪，张统制竟然将这些事报告朝廷呢？”吕祉看见大惊，想返回逃走，来不及，被郦琼逮住。张王景和兵马钤辖乔仲福，统制刘永、衡友被处死。郦琼于是率领全军四万人渡过淮河投降刘豫，挟持吕祉到三塔，距离淮河三十里。吕祉下马说：“刘豫是逆臣贼子，我怎能见他？”众人逼迫吕祉上马，吕祉大骂说“：死就死在这里！”又对其众说：“刘豫是叛臣，你们军中难道没有英雄豪杰，就这样跟随郦琼而去吗？”众人颇受感动，共有一千多人在他周围环立不走。郦琼恐怕动摇众心，急忙策马首先渡过淮河，吕祉遇害。
当时有人得到包裹吕祉头发的毛巾回到吴中，吕祉妻子吴氏手持毛巾自缢身亡殉葬，听说的人都感到哀伤，庆元年间，诏令为吕祉立庙赐匾，以表彰他的忠诚。
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