元朝时，他们归顺元朝廷。至元年间，朝廷设置了元江万户府。后来在威远改设为元江路，统领罗、马笼等十二个部落，隶属于临安、广西、元江等地的宣慰司。
洪武十五年(1382)，明朝廷在此设置元江府。十七年，土官那直来朝觐时向皇帝贡献大象，皇帝便任命那直为元江府知府，赏赐官服和冠带给他。十八年又设因远罗必甸长官司，让其隶属于元江府，任命当地的酋长白文玉为长官司副长官。二十年朝廷派遣经历杨大用到元江等府去训练军队，因为此时百夷族屡次在边疆地区作乱，皇帝想发兵平定他们。二十六年朝廷在元江府设置儒学学校。二十七年，知府那荣和白文玉等人前来京城朝觐，向皇帝进贡。
永乐三年(1405)那荣又来京城朝觐献贡物。皇帝给予他优厚的赏赐，于是将元江府改为元江军民府，授予他元江军民府的印信。那荣请求皇帝允许他亲自率领军队，装载着粮食，前去攻打八百。皇帝嘉奖犒劳了他。元江府又上奏，说石屏州的洛夹桥，每年都被暴涨的江水冲坏，如果只让本元江府独自修理，恐怕百姓不堪负担，请求朝廷命令石屏州协助我们一起治理。皇帝同意了。九年，那荣率领手下的头目前来京城朝觐，向皇帝贡献马和金银器，皇帝按以前的惯例给予他们赏赐。十二年，已故的土知府那直的儿子那邦也入京向朝廷贡献土产。
宣德五年(1430)，黔国公沐晟上奏，说元江的土知府那忠的官邸房舍和经历印信被贼人刀正、刀龙等焚毁了，现今刀龙、刀洽已被抓获押送到京城，请求朝廷按永乐年间的处理方法，将他们发配安置到辽东，以警告边疆地区的夷人。皇帝同意。朝廷又让礼部重新将印信铸好送给元江府的那忠。正统元年(1436)，因远罗必甸长官司派人来京城朝觐，向皇帝献贡马。正德二年(1507)，那端承袭了土知府的职位。
嘉靖二十五年(1546)，土舍那鉴杀死了侄子土知府那宪，夺取了知府印，并没收了因远驿的印记。巡抚应大猷将此事上奏朝廷，朝廷命令镇巡官发兵前去进剿。二十九年，那鉴有所畏惧，暗地里约好交趾的蛮人武文渊图谋叛乱。抚按官胡奎、林应箕和总兵官沐朝弼联合向朝廷上奏此事，请求朝廷派副使李维、参政胡尧时督兵围剿他们，朝廷下诏同意。那鉴益发纵容军队攻打抢劫元江府的村寨。沐朝弼和巡抚石简调遣武定、北胜、亦佐的土兵和汉兵，分成五个哨。所调拨的军队集结以后，沐朝弼和石简驻扎在临安，分部进兵，攻破了木龙寨，降服了甘庄，贼人的气势才有所收敛。那鉴便派遣经历张维和几个儒生到南羡监督王养浩的居所，请求投降。此时左布政徐木越因监督粮饷到达南羡。徐木越人比较迂拙，听了张维的话后，认为那鉴已确实计穷，无地可走，便约定第二天让那鉴自己反捆双手出城投降。他的左右都说夷人奸诈不可轻信，但徐木越不听，按期带一百人到城下接受那鉴投降。那鉴便纵容大象、战马和夷人士兵冲出来厮杀，徐木越和他的左右都被袭击而死。巡按赵炳然将此事上报朝廷，并弹劾沐朝弼、石简和王养浩有失事之罪。皇帝降旨责究，褫夺了石简的官职，王养浩等人停止给俸禄，要他们限期捕获贼人赎罪。沐朝弼便与石简集结了五哨军队，沿着元江驻扎，命令南羡哨督兵渡过江去攻城，又从路通哨、甘庄哨各挑选精兵二千人协助他们。那鉴了解到路通哨、甘庄哨的精兵都已调到南羡哨，便悄悄地派遣军队和战象乘虚袭击路通哨。官军没料到贼人会突然到来，仓猝烧毁营房而逃。监督郝维岳逃进甘庄哨，甘庄也大溃，监督该哨的李维也逃跑了，只留下南羡哨在城前与贼人对阵。武定的女土官瞿氏、宁州土舍禄绍先、广南侬人头目陆友仁都痛恨那鉴杀死主人夺取嫡亲的官位，誓死不退兵。督哨王养浩因此激励他们，第二天他们敲着鼓大声呼喊着攻城，贼人大败，闭门不出战。官军将他们包围起来，那鉴乞求投降，官军吸取了徐木越的教训，不答应他。城内的贼人将屋子拆了当柴烧，一斗米要卖三四钱银子，物资已很缺乏。这时该地区的瘴气已经起来，官军为避瘴气的侵染就撤兵了，约定秋末再来征讨那鉴。沐朝弼将此事上奏朝廷，皇帝裁定了两个哨失事各臣的罪责，派抚臣厚赏瞿氏、禄绍先、陆友仁等人，敕命沐朝弼会同新到任的抚臣鲍象贤聚兵讨伐贼人。
三十二年(1553)，鲍象贤到达镇所，调集土兵和汉兵七万人，广泛征集粮饷，限期分哨进剿元江府，做必定取胜的打算。那鉴害怕了，喝药自杀。鲍象贤便传文书给百户汪辅，让他进城安抚百姓，捉拿贼人首领，将杀害土官那宪的阿提和杀死布政徐木越的光龙、光色等人全部斩首。那鉴的儿子那恕将原先占领的郡、封銮等村寨献出来，将原先掠夺去的镇沅府的府印也还回来，还交纳大象十二只，将几年来拖欠的赋税也全部交齐。鲍象贤命令当地的官员和百姓将那氏家族中可继承官位的人推举出来，众人推举了前土官那端的从孙那从仁。鲍象贤上疏说明了该地的情况，请求朝廷废除那恕的官职，赦免他的死罪，让那从仁暂时管理该地的事务，加封汪辅为千户。皇帝都同意了。万历十三年(1585)，因元江土舍那恕在招降车里方面有功劳，朝廷允许他承袭祖先的官职，并赏赐给他银币。
元江府统领有一个长官司，叫因远罗必甸。
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