九年，命他和宋礼一同治理会通河，又同徐亨、蒋廷瓒疏浚鱼王口黄河故道。当初，太祖在梁、晋之间用兵，派大将军徐达挖开塌场口，把黄河通到泗水；又掘开济宁以西的耐牢坡，引曹州、郓城地区的黄河水，以开通中原的运输通道。后来故道渐渐淤塞，至此金纯来疏浚治理它。他从开封之北引水到郓城，进入塌场，出谷亭以北十里，在这里设永通、广运两座闸门。
十四年(1416)，他改任礼部左侍郎。过了两个月，他升为尚书。十五年他随从皇上巡视北京。十九年，他同给事中葛绍祖巡抚四川。仁宗即位后，他改为工部尚书。几个月后，又改为刑部尚书。第二年他兼任太子宾客。
宣德三年(1428)，金纯有病，皇上派医生给他看病。病情有好转后，皇上免予他朝参，让他能养病治事。当时正暑热，皇上敕令法司审理积压的案件。金纯多次与朝中显贵饮酒，被言官弹劾。皇上怒道：“金纯因病不朝见，却私下燕饮，这能行吗？”命令将他关进锦衣卫监狱。后来又念金纯是老臣，放了他，降为太子宾客。八月，准予他退休而去。
金纯在刑部时，仁宗曾谕告他说：“法司近来专好罗织罪名，提意见的人常被指责为诽谤而得罪，这很没意思。自今以后，告诽谤的不要论罪。”金纯也力求宽大，常告诫属官不得乱拷打犯人。所以金纯当权时期，没有死于狱中的人。他于正统五年(1440)去世。赠山阳伯。
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