燕王起兵后，朱能与张玉谋划杀死张籨、谢贵，夺取九门。朱能被授为指挥同知。他率军拔蓟州，杀马宣，下遵化。又随军破雄县，战月漾桥，捉拿杨松、潘忠，在莫阝州降服其部众。长驱直入真定，大败耿炳文军。朱能独自与三十名骑兵敢死队追奔至滹沱河，跃马大呼冲向南军。南军数万人望风披靡，被踩死者甚多，三千人投降。成祖亲自写信慰劳朱能，并进升他为都指挥佥事。朱能随军支援永平，赶走吴高，攻克大宁。返回后，统领左军。在郑村坝打败李景隆。又随军进攻广昌、蔚州、大同，战于白沟河，朱能为前锋，再败平安军。进攻济南，驻扎铧山。南军居高列阵，朱能以奇兵绕到其后，击败之，降服万余人。又随攻沧州，斩杀万余人。
东昌之战，成祖陷入盛庸、铁铉军的重重包围之中，张玉战死。情况十分危急，朱能率周长等殊死作战，帮助成祖突围而出。又随军战于夹河，谭渊战死，燕军受挫。朱能赶到，再战再捷，使燕军重新振作起来。又与平安战于藁城，击败之，追奔至真定，夺取彰德、定州，攻破西水寨。朱能率轻骑千人夺取衡水，俘获指挥贾荣，攻克东阿、东平，尽克汶上诸寨。
不久，王真在氵肥河战死，燕军屡屡战败，诸将建议回师。唯独朱能按剑说道：“汉高祖开始十战九败，最终却获得了天下。而今举兵连连得胜，遇上小挫动辄就归，岂能因此而北面事人耶？”成祖也大声呵斥诸将说“：你们想怎么办都行。”诸将遂不再敢言。于是引兵往南，击败平安的银牌军。都督陈晖来援，又败之。然后击败灵璧军队，擒获平安等，降服十万人。朱能累升至右军都督佥事。又进克泗州，渡过淮河，击败盛庸军。然后拔盱眙，下扬州，渡长江，入金川门。
九月初四日，论功时，朱能仅次于丘福，被授为奉天靖难推诚宣力武臣、特进荣禄大夫、右柱国、左军都督府左都督，封为成国公，食禄二千二百石，并被授予世袭凭证。永乐二年(1404)，朱能兼任太子太傅，加禄一千石。四年七月，皇上下诏命朱能佩征夷将军印，西平侯沐晟为左副将军，由广西、云南分道征讨安南，皇上亲自送到龙江。十月，朱能行至龙州，死于军中。年仅三十七岁。
朱能在诸将中年纪最轻，十分善战，张玉则善于谋略，皇上将他俩当作左右手。张玉死后，关于军中进退之事全都找朱能商量。朱能身高八尺，雄毅豁达，孝敬友爱。虽位列上公，却不曾因富贵而放纵自己。他善于安抚士卒，他死的时候，将校们都为之悲痛流泪。皇上将他赐葬于昌平，追封为东平王，谥号武烈。洪熙时，朱能配享成祖庙庭。
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