世祖即位，中统元年(1260)，授居贞中书左右司郎中。世祖北征，居贞随从，给世祖讲述《资治通鉴》。有天，世祖问他“：郎中薪俸若干？”居贞如数回答，世祖认为太薄，令增加，居贞辞谢道“：官秩应该如此，不可因臣而乱了制度。”刘秉忠奏荐居贞为参知政事，他辞谢说：“以后必有由郎官而按例求为执政官的，那时将如何对待？”至元元年(1264)，参议中书省事，诏令他与左丞姚枢巡视河东、山西。五年，再为中书郎中。这时正当阿合马专权，忌妒他，改为给事中。同丞相史天泽等纂修国史。
至元十一年，丞相伯颜伐宋，居贞以宣抚使之职参议行省事务。大军渡江后，攻克鄂、汉，伯颜继续率军东下，留右丞阿里海牙与居贞分别镇守。居贞建议说“：江陵系要地，为宋朝门户，以重兵防守。听说宋军诸将不和，外来之民满城，疾病流行，缺薪柴，而又不敢外出打柴。若不乘此时机先取江陵，等到春水上涨，恐为宋军乘机顺流而下，那时鄂州危急了。”迅速将此意见上报朝廷，朝廷命阿里海牙领兵攻取江陵，居贞因要负责行省事务而留于鄂州。居贞在鄂州开仓赈济流民，宋室子孙流寓鄂州者，供饮食，不改变他们原来的服饰，通行宋朝的纸币。东南一些尚未攻下的州郡，其商人旅客留在鄂州的，发给运销货物凭证便于他们回去。免征商税，开放湖禁，造船一百数十艘，用水军驾驶，不惊扰百姓，百姓安居乐业。
娄安邦以信阳献降，居贞遣人送他入京朝见皇帝，而安邦偏将陈思聪杀了娄安邦的全家。居贞用计把思聪召来，列举其罪状，处以死刑。
宋幼主投降后，其丞相陈宜中挟益王赵曰正、卫王赵籨逃往闽、广，到处发动百姓反抗，百姓也争相响应。蕲州司空山的人民及鄂州属县县民傅高起兵响应。居贞发布檄文，说明祸福，使反抗者人心涣散，再派兵镇压，平息反抗。傅高改名换姓逃走，终被逮捕处死。高傅被捕之前，郑万户提出：“鄂州大姓都与傅高相通，请求先除掉他们以绝祸根。”居贞说“：高一鼠子，无知无识，不久就会逮捕处死，与这些大姓有何关系，我能保证无事。”郑领兵外出时，还叮嘱所留部将，等他回来时，杀尽城中大姓。因郑万户战败淹死，他的杀大姓计划才未实现就被揭发出来。
至元十四年，拜湖北宣慰使，命未下而骄将悍卒合谋扰害百姓，居贞出任视事，百姓才有恃无恐。离开鄂州时，老幼含泪送别，刻其像于石，供奉于官学内膜拜。
至元十五年，调任江西行省参知政事，还未到，百姓就千里来迎，诉其困苦。因为当时官府逮捕了一些收到宋益王、卫王传单的人，牵连入狱的大户就有三百余家。居贞到任后，把他们全都释放，将宋“二王”的传单烧毁。有一些士卒带武器入民家而诬陷别人私藏武器，借以诈取钱财，取人子女为奴为妾，居贞将他们绳之以法。大水毁坏了百姓房屋，居贞开仓赈济。南安李梓发作乱，居贞怕将帅出兵扰民，亲率领千人扎营于城北，遣人去讲明祸福。李梓发的部下闻居贞至，都走散，不肯为梓发效力，梓发及其妻子自焚。这次平乱，居贞未杀一人。杜万一在都昌反叛，居贞调兵擒获，有人上书列举巨室姓名数百人，说他们与杜万一有勾结。居贞说：“元凶已诛，牵连其他人干什么！”把那上告的文书烧毁。
至元十七年，朝廷要再征日本，造战舰于江南。居贞认为人民已极其贫困，再征日本必酿成大乱，正准备入朝谏止其事，尚未启程而病逝，终年六十三岁。赠推忠辅义功臣、银青荣禄大夫、中书平章政事，追封定国公。
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