最初，徽政院使秃满迭儿把奇氏作为宫女送来侍奉顺帝，只不过进茶送水而已。奇氏聪敏机灵，逐渐受到顺帝宠爱。答纳失里皇后忌妒她，还多次打骂她。元统三年(1335)，答纳失里皇后因其兄御史大夫唐其势谋反伏诛而被丞相伯颜毒死于开平。顺帝欲立奇氏为后，遭伯颜坚决阻止。伯颜罢相，沙剌班请立奇氏为第二皇后，居兴圣宫，并改徽政院为资政院。
奇氏为皇后，无事则学《女孝经》及史书，效法历代皇后之贤德。四方贡物中或有珍美食品，她都先派人拿去供奉太庙祖宗，然后自己才敢饮食。至正十八年(1358)，京城大闹饥荒，奇氏皇后命官府施粥饥民，又拿出金银粟帛命资政院使朴不花用以安葬死者遗骸十余万具于京都郊外，命僧人建水陆道场，打醮超度亡魂。
顺帝不上朝理政，奇氏皇后与皇太子爱猷识理达腊图谋使顺帝让位于太子，遣朴不花去示意丞相太平，太平不肯表示自己的意见。皇后把太平丞相召进宫里，亲口向他表明自己的意图，太平仍态度暧昧，模棱两可，因此皇后与太子对太平怀怨于心。顺帝知道奇氏皇后的图谋后，非常忿怒，两个月不见她。朴不花为奇氏皇后所宠信，被弹劾，撤销其资政院使之职。皇后暗示御史大夫佛家奴为他辩护，而佛家奴却要进一步弹劾朴不花。奇氏知道后，嗾使御史弹劾佛家奴，把他贬谪于潮河。
奇氏皇后家族在高丽恃势骄横，高丽王大怒，把他们斩尽杀绝。至正二十三年(1363)，奇氏对皇太子说：“你为何不为我报仇？”于是另立高丽王朝于中国，以高丽王族之人在元朝京师者为王，奇氏族人之子三宝奴为王子，遣元朝同知枢密院事崔帖木儿为丞相，派出元军一万人，并招募日本人为兵，共同征讨高丽。元军过鸭绿江，遭高丽军伏击，大败，只剩下十七骑逃归中国，奇氏皇后羞愧不已。
二十四年七月，孛罗帖木儿举兵进攻朝廷，皇太子逃往冀宁，下令讨伐孛罗帖木儿。孛罗帖木儿大怒，嗾使监察御史武起宗弹劾奇氏皇后干扰国政，奏请皇上把她迁出宫外，顺帝默不做声。二十五年三月，孛罗帖木儿假传圣旨，把奇氏幽禁于诸色总管府，令其党羽姚伯颜不花看守。四月初二日，孛罗帖木儿逼迫奇氏皇后回宫取印，以皇后名义致书召回太子，事后仍将她送回原处幽禁。皇后多次遣送美女给孛罗帖木儿，才得在被幽禁百日后还宫。孛罗帖木儿死，皇后召皇太子还京，并令扩廓帖木儿领兵拥太子入城，希图借此威胁顺帝让位。扩廓帖木儿明了奇皇后意图，送太子至离京城三十里地方便遣军回营，皇太子对他恨之入骨，事见《扩廓帖木儿传》。
伯颜忽都皇后崩，至正二十五年十二月，中书省臣奏请立奇皇后为正宫，顺帝不答。又奏请改资政院为崇政院。顺帝这才册立奇氏为正宫皇后。至正二十八年(1368)，明朝太祖朱元璋北伐，攻入大都，奇皇后随顺帝逃往上都。
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