后来由于崔与之、许奕、魏了翁等二十三人前后着力推荐，由制置司敦促他到朝廷，担任史馆校勘，被赐予进士出身，专修《中兴四朝帝纪》。刚刚完成三朝帝纪，就因弹劾罢任，被差遣到成都府任通判。不久迁著作佐郎，兼四川制置司参议官。诏令要他不要加入议幕，允许他征辟官吏自己置局，接着编撰《十三朝会要》。端平三年(1236)书编成。召赴朝廷，任工部侍郎。他上书说：
“臣闻‘大兵之后，必有凶年’。大概是由于杀戮太多，赋敛太重，使老百姓怒怨之气上浮，干扰了阴阳二气的调和，至此达到极点。陛下所应该做的是与各大臣共同清除乱政，向老百姓宣布除旧布新，以作为消灭恶运、迎接吉祥的对策。而现在法制破坏未尝重新修订，老百姓劳苦不加意振兴德政，既没有能力改变过去旧的东西，而反过来会比过去的问题更严重。所以皇帝的德行还没有达到没有过错，朝纲或许还苦于多和乱，公平清廉正直的官吏，所在很少看到。而贪利无耻，敢于做坏事的人，却借口敌人的存在兴兵，四面八方起来，以求满足他们贪婪的欲望。像这样而希望五福齐来，百谷丰登，是等于缘木求鱼。
“臣考察招致旱灾的原因：一曰和籴增多而老百姓怨恨，一曰流离失所没有归宿而老百姓怨恨，一曰赋税检查不尽真实而老百姓怨恨，一曰籍没资产不治罪而老百姓怨恨。所有这些都发生于大兵之后，而形势又未设法加以消灭，所以愈加积累愈加严重了。成汤是圣明的君主，而他在桑林祷告，尚且以六件事自责。陛下很愿意把国家治理好，可是现在七年了，灾害祥异饥馑这些现象，记载不绝，这是什么原因呢？早上下命令晚上就改变，没有常规，那政事自然就乱了；赏赐积蓄赠送，毫无停止的时候，那老百姓自然就贫困了；陪都园囿寺庙，修建得非常勤，那土木工程当然就繁兴了；皇帝旧居的女道士，声势气焰嚣张跋扈，那妇女恃宠弄权的当然就多了；珍宝玩赏的呈献，很少听到有拒绝的，那贪污贿赂当然就盛行了；忠正恳直的语言，大都厌恶摒弃，那诬陷谄媚的人当然就得势了。这六件事情或有一件，就足以招致旱灾。希望陛下赶快颁布罪己的诏书，修正做好这六件事情以挽回天心。群臣中有呈献聚敛剽窃老百姓财物的言论以求加官进职者，必须严厉地罢黜他们，使他们不得上诬圣德，这样则旱情虽然严重，还是可以阻止消灭的。可是如果老百姓怨于内，敌人逼压于外，事态危急，形势窘迫，那就什么事情都可能发生！到那时陛下虽然谋臣如云，猛将如雨，也不知道怎么想办法了。”
皇帝听从了他的意见。没有多久，他又以言论罢官，奉祠禄居潮州。淳元年(1241)罢祠禄，再授予又罢掉。淳三年(1243)，退休。不久逝世，终年七十八岁。
李心传有治史才能，精通历史典故，但是他编写的《吴猎传》、《项安世传》，对他们的褒贬却有愧于一个史家秉笔直书的宗旨，大概他的思想常看重川蜀，而对东南的士大夫却非常轻视。
李心传所著成的书，有《高宗系年录》二百卷、《学易篇》五卷、《诵诗训》五卷、《春秋考》十三卷、《礼辨》二十三卷、《读史考》十二卷、《旧闻证误》十五卷、《朝野杂记》四十卷、《道命录》五卷、《西陲泰定录》九十卷、《辨南迁录》一卷、诗文一百卷。
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