起初，吕祖谦受父荫进入仕途，后来通过自己的努力考取进士，中的是博学宏词科，遂调南外宗教，服母丧期间，吕祖谦住在明抬山上，由于他有名声，所以许多名士、学子都前去向他求教、问学。不久，吕祖谦被授为太学博士，当时中都官在等待引见皇上、正式赴任前按规定补外，遂以添差官的身份教授严州，旋又被朝廷召为博士兼国史院编修官、实录院检讨官。在任职期间，他曾建议皇帝留意圣学，并说：“要恢复大业，应当定规模，审方略。陛下方广揽豪杰，共集事功，我愿精加考察，将政策方略拟定好，并分清主次，排定先后，使那些侥幸之言无立足之地，然后与一、二位大臣商定后分别奏呈皇上，颁布实行。这样一来，就可伸大义，复大业了。”
吕祖谦被召试馆职。召试前，许多人到学士院打听题目，独吕祖谦不以为然。但召试结果，吕祖谦的章特别典雅优美。吕祖谦曾经读过陆九渊的文章，且非常喜欢，但并不认识这位后生，在负责礼部考试的时候，吕祖谦阅鉴一份答卷后说“：这肯定是江西小陆的文章。”揭开弥封一看，果如其言。人们因此都赞叹吕祖谦有精湛的鉴别才能。父亲死后，免丧，主管台州崇道观。
过了三年，吕祖谦外任秘书郎、国史院编修官、实录院检讨官。因为修撰李焘的推荐，吕祖谦得以参与重修《徽宗实录》的工作。书成后，品级又得以晋升。吕祖谦在接受皇帝咨询时说：“治道体统，只有上下内外不相侵夺才可以安定。以往，陛下往往因不相信大臣而兼管大臣之职，大臣无事可做，只得做一些本来该属下做的细务琐事。这样层层相因，至监司、守令莫不如此。都因自己的职权被上司侵夺而不能有效地命令部下。由此就产生这样一个结果：豪猾之人玩弄官府，郡县忽视省部，属吏欺凌上司，贱人轻视权臣。这种现象在平常可能看不出它的弊端，一旦出现危急情况，由谁来行使指挥之权呢？如果说臣下权任太重，可能会产生私心私欲，那么陛下可以在经济上加以控制，可以用台谏之官加以弹劾，并且可以随时派侍从加以探询监视。如此，则即便有那种心术不正之人，他也不能专横弄权。陛下又何必屈尊以代大臣之劳呢？人的关节脉络如有阻塞就会生病，陛下虽然日理万机，操劳不已，如果不注意这个问题，则势必造成声势浸长，趋附浸多，过咎浸积的状况。大臣一方面因惧怕为皇帝所责而隐瞒事实，一方面因怕舆论所指而相互推诿诋毁排斥。愿陛下虚心以求天下之士，抓住要点管好大政方针，不要因任人失误而以为人多可疑，不要自认聪明过人就足以偏察于人，不要详于小事而忘远大之计，不要忽视近佞而忘了壅蔽的萌生。”
吕祖谦还说：“国朝治体，有些是比前代高明的，有些是前代所不具备的。比如说以宽大忠厚建立规模，以礼逊节义成就风俗，就是胜过前代的。因此，在经过了民族危难之后，驻守东南逾五十年，而没有丝毫担忧。但是，在文治可观的喜人景象下面，却又存在着武绩未振的事实。名胜相望而方略未优，这在盛平之时业已显现出隐忧。当初西夏元昊发难，范仲淹、韩琦是众望所归的人物，但最终仍没有解除忧患，由此可以想见要成事建功是多么不容易。我认为，当今政治，对于那些前代未解决的问题，要激励而振起。对于高于前代的东西，更要特别加以爱护和扶持。”
吕祖谦升著作郎后，因病请辞归。这之前，书肆有书曰《圣宋文海》，孝宗命临安府将此书校正后刊行。但学士周必大认为该书取舍不当，错误较多，恐难传世，请委馆职重新铨释，以成一代之书。孝宗因而命吕祖谦负责这项工作。吕祖谦将此书断自中兴以前，崇雅黜浮，分门别类编为一百五十卷。书呈皇帝后，被赐名为《皇朝文鉴》。
吕祖谦受诏升直秘书阁。当时很重职名，不是有功之人不能升任，所以中书舍人陈揆不同意起草诏书。孝宗批旨说“：馆阁之职，文史为先，祖谦所进之书，取舍精当，有益治道，因此特受朕之器重，应当马上起草任命诏书。”陈揆不得已照办。不久，吕祖谦主管冲佑观。又过一年，升为著作郎兼国史院编修官。去世，终年四十五岁。谥号“成”。
吕祖谦承继张载、二程之学，但能旁征博引。平生心平气和，不标新立异，一时间，许多杰出人士皆对其心悦诚服。小时候，性情较为急躁，有一天，当谈到孔子言“躬自厚而薄责于人”时，忽然觉得平时那种急躁之情涣然冰释了。朱熹为此曾说：“如果能像吕祖谦那样学习，就能改变自己的气质之性。”吕祖谦主张学以致用，反对空谈性理，患病后，其任重道远之意不衰。其居家之政，可成为后世楷模。他修《读诗记》、《大事记》，皆未成书。但他考定《古周易》、《书说》、《阃范》、《官箴》、《辨志录》、《欧阳公本末》，皆行于世。吕祖谦晚年会友之地曰“丽泽书院”，在金华城中。去世后，郡人于此为他建了祠堂。吕祖谦有子名延年。
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