柴中行调任江州学教授，母亲去世除去丧服后，他被广西转运司召用为干官，统帅要荐举他，派自己的门客试探柴中行，柴中行严肃地说：“身为大帅，而称别人为恩主、恩相，我感到这很可耻。不要玷污我！”他负责昭州政事，免去丁钱，减少苗斛，赈济贫困。转运司委托柴中行去巡视属郡民情，他由桂林属县经柳、象、宾州进入邕管，询问百姓的疾苦，先处理各种事情而后汇报，除去盐息使远地百姓受惠。嘉定初年，柴中行被差遣为主管尚书吏部架阁文字，升为太学正，博士。百官轮次奏事，他首先论说君主的威严被侵夺那么国势就轻；其次论说士大夫寡廉耻、少骨气，应该培养天下刚毅果敢的风气；最后论说权臣当政，包庇成风，现在旧习仍在，应采用先朝严惩赃吏的法令。他认为太学是风教的先锋，童子科复试胄子舍选，有恃势营私的，柴中行向长官提出，守法无私。他升为太常主簿，转为军器监丞。
柴中行出朝任光州知州，他严格保伍法，精练兵卒，增辟屯田，城壕营寨、器械粮草，全都齐备，治理政务的成绩是淮右之首。又逐条规定离边境最近、离边境稍近的地方，有紧急事应上奏朝廷，大概说：“边防兵应像蛇一样，首尾相应。草寇合兵进犯，那么邻道来救援，草寇分兵袭击，那么邻郡来救援。援兵多，虽危险但不会失败。”又说：“淮、襄的土豪丁壮，过去用兵时，对那些倾财效力的人，朝廷没守信用，不给以赏赐，应该立即加以补救，也可以使他们情绪激昂，为国效死力。”
柴中行升为西京转运使兼提点刑狱。他认为襄阳是自古以来必争之地，守备尤其应该周密。当时任边帅的人政令烦苛，日夜同老百姓争利，柴中行规劝他们，他们不听。当时天大旱，柴中行除去全部酒税，指斥征税官，给酷吏处以黥刑，随后就下雨了。官府收取盐钞赢余过重，赋税日益增多，商人不愿意经营，官府收入日益减少，盐钞日益滞积。柴中行在交通要道出告示，表示盐税一钱不增，商人又集中在这里。柴中行改任直秘阁、襄阳知府兼京西统帅，仍任转运使。江陵戎司移驻到襄州，兵政久已松弛。柴中行向朝廷汇报，考核军队虚实，旧额有军人二万二千，现存的才半数，立即招补缺额。从此朝廷把节制的权力归到帅司。强烈弹劾李珙的不法以惩戒贪官，阐明扈再兴有功以勉励宿将，上关朝廷，下关将帅。
柴中行升为江东转运司判官，不久改为湖南提点刑狱。豪强家习于杀人，或者收养亡命之徒，横行江湖，柴中行把他们都绳之以法。华亭县令贪虐，执法的吏人交相推荐他，柴中行笑着说：“这是想阻止我按规定处理他呀。”最终还是处治了他。柴中行入京为吏部郎官。因为他立志要启迪君心，上奏说喜欢升官、苟同、欺罔，是士大夫风俗的三个弊病。选择曹官的法则被破坏，官吏互相攀援为奸，柴中行遇事都持平公正，不为权势所屈服，因此选官公平。
柴中行被提升为宗正少卿。他上疏说“：陛下刚秉政就把刚德定为治国的根本，改变风俗就用刚德除去权奸，如今可以垂衣拱手，无为而治。但是刚德实在是人主的大权，不能总拿出来而不收回，先前的教训，是可以很好地借鉴呀。”又说“：朝廷用人，表面上显示包容，而暗地里掩饰情迹，内定要任用得宠的人，而表面上故意突出他，让他有机会表现，听到和看到的虽然很好，实际没什么可以使天下人心服的。先前改变风俗，元气已被挽回了。近年想求得清静，十分厌恶人们进言，于是大臣奏事，不是观望就是迎合，不是徘徊就是退避，而当面和陛下争辩的风气不多了，这是掌权大臣的责任。”
柴中行兼任国史编修、实录检讨。四月，天降大雨冰雹，雷电交加，边境告急，以致失地丧师，淮甸震动。柴中行马上奏明朝内外有二条失误，朝廷有十条忧患，大概是：“今日的事，是因为君主把天下事都委托给一个宰相，这个宰相又把治理天下的策略只和几个心腹商议，而满朝官员只能相视以目，不敢进言。甚至边境地区有什么请求，很久也不报上来，如果有什么失误，谁来负责？”
柴中行被调为秘书监、崇政殿说书。他透彻地论述说“：往年把道学看作伪学的人，想把讲求道学的人流放到远方，堵塞言路，使忠义的人闭口不言，天下的风气怎能再被破坏成这样呢？”又说“：要想获得人心，不如除去贪吏；要想除去贪吏，不如使朝廷清明。大臣守法则小臣廉洁，身居高位的人以身作则，那么州县小吏凭什么敢胡作非为？”又论说治理内政和外患，分辨君子和小人，大概是：执政、侍从、台谏、给舍的选用，和任命三衙、京尹，都是朝廷的大事，因此选用的人一定是君主亲自提拔的，这样大权不交给臣下。现在或是私谒，或是请见，或是在几个月之前就先定下来，或者是满朝官员不认识。附会的人被任用，争相做妇人做的事，对天下国家的利害安危，不只自己不敢说，而且也不许别人说。大臣被附会的邪说所贻误，边境守臣中真正逃跑的被他们遮掩而认为是受到诬陷，真正怯懦的被他们赞扬成是勇敢，金帛堆在陛下面前，是非混淆，来欺骗国家，欺骗陛下。希望明确诏告大臣，去掉私心，开诚布公。”
柴中行升为秘阁修撰、赣州知州。他治盗有方，赣州地区很清静。他请求辞官回家祭祀，得到允许，因言论被罢官。理宗即位后，柴中行以右文殿修撰的身份主管南京鸿庆宫，理宗赐给他金带。柴中行去世。柴中行著有《易系集传》、《书集传》、《诗讲义》、《论语童蒙说》。
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