皇(1049～1054)中，从右谏议大夫升任权御史中丞。命令下达后，谏官韩绛上奏说孙扌卞不是纠正表率别人的材料，不能担任讽谏纠正别人的这种职务。孙扌卞即手写一奏折说：“臣观察当今的士人，追求升官者多，廉洁退让者少。以会找别人的事为精神，以能攻击别人为风采；嘴巴快捷得像农夫便叫作有议论，刻毒得像酷吏便叫作有政事。谏官所说的才能，难道是指这些吗？若是这样，臣就确实无能了。”仁宗考察他的话，催促他上任，并且任命他知审官院。孙扌卞以受到言论批评不宜兼任此职辞谢，皇帝才作罢。
在御史台，多次议论事情，不讲矫激偏执的言论，尤其喜欢推荐人材。皇帝想要升入内都知王守忠做武宁军节度使，孙扌卞奏请后作罢。温成皇后出葬，用刘沆做监护使，孙扌卞上奏说，刘沆身为宰相，不宜为皇妃监护丧葬的事。当时有人建议为皇后建陵立庙，以孙扌卞为首的官僚都说这样做是违礼。因此与别人互相辩论，他因坚持争论却不能得到认同，便伏地不起，皇帝为了他脸色都变了，把他遣走。御史请求罢免宰相梁适，皇帝不听，孙扌卞上奏说：“梁适当宰相，在上不能公正处事，对下又没有笃诚地训导子弟。谏官几次上奏弹劾，未听到答应同意，不罢免梁适不能平息众人的议论。”宰相陈执中的侍婢被宠妾张氏捶击而死，法官要将张氏关入监狱搜取佐证，陈执中不放人，皇帝令人不必追究。孙扌卞又与同僚请求汇报讨论，奏折送上去十次，终于使梁适、陈执中都被罢免。
孙扌卞改任翰林学士承旨、又兼任侍读学士。皇帝读《史记？龟策传》，问孙扌卞：“古人行动都必须根据这个么？”孙扌卞回答说：“古人有大的疑难之事，自己有了决定，又询问了众人的意见，还说没有上天的命令，于是乎命龟来决断吉凶。这便是所谓‘谋及乃心，谋及卿士，谋及庶人，谋及卜筮’。大概圣人看重诚实，不认为仅有人谋便够了，还要与神灵暗相符合，然后才可以。”皇帝认为他回答得好。
谏官陈升之献上选用、责任、考课转运使的三种方法，皇帝命孙扌卞与御史中丞张主管此事，但最终也没有进献什么人材。再升任礼部侍郎。孙扌卞久任侍从官，却很淡泊，人们认为他是一位长者。后来枢密副使程戡被罢职，皇帝想任用旧人，就命孙扌卞担任此职。这年中间，孙扌卞又升任参知政事。
孙扌卞为人性格笃厚寡言，质朴没有威仪。在枢密副使和参知政事任上时，年纪日益衰耄，对大事不能决断可否。又善忘，言谈举止多出笑话，好事者传为口实。御史韩缜弹劾他，孙扌卞被罢职降为观文殿学士、同群牧制置使，又再次兼任侍读学士。宋英宗即位，他进升为户部侍郎。告老辞官，以太子少傅的身份回家居住，后去世。追赠太子太保，谥号是“文懿”。
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