长寿年中，朱敬则长时任右补阙。因武则天临朝称帝，改唐为周，天下颇多流言异议，到长寿年便渐渐地宁静下来，为了绝灭告密罗织他人罪名这一类的情况，他上疏，讲了秦不知因时制宜之变所遭的祸；也讲汉高祖在天下平定后重诗书、定礼仪和因时而变的好处。然后请求改法制，立章程，让百姓安逸受到恩惠，去谗言者的巧言，挫奸险者的锋芒，根除罗织陷害之源，扫除朋党为奸，使天下苍生坦然大悦。武则天看了认为很好。
长安三年(703)，朱敬则调任正谏大夫，代理宰相之职。当时，御史大夫魏元忠、凤阁舍人张说被张易之兄弟陷害，将要受到重刑，宰相们不敢直言，只有朱敬则抗疏申理说“：元忠、张说一向忠正，加在他们头上的罪无根据。如果这样处以重刑，岂不失天下之望？”这样二人得免死刑。四年，他以年老多病辞宰相职务，批准了，又调任冬官侍郎，依旧兼修国史。张易之、张昌宗曾经命画工画武三思和纳言李峤、凤阁侍郎苏味道、夏官侍郎李迥秀、麟台少监王绍宗等十八人肖像，号称为高士图，他们每拉朱敬则参与，朱都固辞不就。高洁守正达到如此境界。
神龙元年(705)，朱敬则调出朝廷到郑州任刺史。不久告老还乡。第二年，因侍御史冉祖雍一向与朱敬则不和，便诬告说他与王同皎亲善，贬为卢州刺史。经数月，等继任者到来，他便还乡。还乡时，身边无淮南一物，只有乘马一匹，他的子侄都步行跟随归乡。朱敬则重然诺，善与人交，每救人急难，不求其报答。他与他的堂兄弟同居四十多年，财产不分彼此。他很能识才知人，凡是他品评的人，后来都如他所评论的。景云三年(712)五月，在家中去世，享年七十五岁。
朱敬则曾经搜集魏、晋以来群臣成败之事，著述了《十代兴亡论》。又以前代文士所论的废五等封爵的文章，又据秦之得失，认为还可折衷，又写了五等论来评封爵之事。当时的贤者认为他的意见很对。
朱敬则任宰相时，每以用人为先。桂州蛮叛，他荐裴怀古；凤阁舍人缺，他荐魏知古；右史缺，他荐张思敬，武则天认为他知人识才。
睿宗即位，曾对侍臣说：“神龙年以来，李多祚、王同皎恢复原官，韦月将、燕钦融都有褒赠，不晓得现在还有什么人还含有冤曲的。”吏部尚书高幽求回答说“：原郑州刺史朱敬则，过去在武则天时任正谏大夫，主持政事，忠贞义烈，为天下人所推崇。神龙年时，被宗楚客、冉祖雍等诬陷，贬授卢州刺史。长安年中，他曾对我说：‘相王一定会承运受命，我们应当尽节侍奉。’到韦庶人篡权干扰朝政，臣于是见危赴难，希望有今天的振兴，虽然是武则天造成，也与朱敬则先开启我的思想分不开。现在陛下龙兴宝位，凶党就戮，但朱敬则还含冤九泉。未蒙昭雪。”睿宗同意刘幽求的话，追赠朱敬则秘书监，谥号为元。
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