来俊臣等人忌恨他，诬他犯罪，被流放到交趾，五年后回来。这时李淳风已死，各占候者的占卜都不灵验，于是诏聘善思为著作郎兼太史令。圣历二年(699)，火星窜入舆鬼五星之间，武后问他吉凶，他答“：大臣承当此凶。”这年王及善去世。
长安年间荧惑星入月，土星冲犯天关星。
善思说“：天象主乱臣伏罪，但有下臣谋犯上的征兆。”一年多后，张柬之等起兵诛杀张易之二人。升善思为给事中。
武后崩，将合葬乾陵。善思进谏：“尊者先葬，卑者不可入。如今若开启乾陵，是以卑动尊，是风水所忌。何况墓门石砌，又熔铁锢缝，非攻凿不能开。神道幽静，此举会惊动亵渎了神主。假若从旁边打隧道进去，则往日葬时神位已定，今若更改为害更深。以当日修筑乾陵，国有大难，改姓建国二十多年。如今再修，又将生难。合葬非古制，何况有诸多不安，哪有什么依循凭据？汉代皇后另筑陵墓，魏、晋始合葬。汉国运四百年，魏、晋国统均不长，此亦证验。现在如另择吉地，靠近乾陵，取从葬之义。若神道有知，则无处不可通达；若死者无知，合葬又有何益？山川精气，上为众星，葬得其所，则神安而后裔昌盛；若葬得不宜，则神不安而后裔阴损。望能割弃私情而使社稷长久。”中宗不采纳。
神龙年间，武后丧除服。太常要求演习音乐，以供郊祭飨庙所需。皇帝不许。善思上奏“：乐，是无形之力，可以感动天地，调和五行；汉、魏的丧礼，以日代月。因为若三年不行礼，礼必会废；三年不习乐，乐必会崩。礼，是阴；乐，是阳。
乐崩则阳遭偃伏，礼废则阴有差错。所以变通以应时，是孝道的极至。安人神，是公；表哀戚，是私。为王者不应以私害公。请批准太常的奏请。”皇帝同意。升善思为礼部侍郎。又上表说皇后擅政，为国事担忧，求为汝州刺史。他曾对姚崇说“：韦氏祸即将平定，相王(李旦)住处有华盖紫色，必登帝位，公要善加护卫。”到睿宗李旦登基，崇将此话告诉皇帝，委任善思为右散骑常侍。
当初，谯王重福贬均州，经过汝州，善思其时为刺史。及谯王谋反，任善思为伪礼部尚书。重福事败，判善思关通罪，当死。吏部尚书宋瞡、户部郎中李邕设法为之减罪，给事中韩思复再三请免，于是流放静州。当初，善思为御史，中书舍人刘允济遭酷吏诬陷，将处死，善思竭力申辩其冤屈，得免死。户部尚书王本立见到他，说：“以前祁奚拼死救叔向，严公您也有此心。”后来见到允济，善思未说自己为之出力的事。思复为善思说情，也不自居恩德。时人称之为长者所得回报。后遇赦回来。开元十六年(728)谢世。儿子名向，乾元年间任凤翔尹。他家三代均享年八十五岁。
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