稽胡贼寇五万人攻掠宜君，下诏命窦轨前往讨伐。进至黄钦山时，遇上贼寇占据高处齐射箭弩，部众为此后退。
窦轨连斩部将十四人，改派其副手代职，亲率数百名骑兵殿后，下令说：“闻鼓声而不进者斩。”击鼓之后，战士争先赴敌，贼兵射击而不能止。因而大破其众，斩首千余级，俘获男女二万人。后升任太子詹事。赤排羌与薛举叛将钟俱仇入寇汉中，拜窦轨为秦州总管，讨伐贼寇连战有功，余党全都投降。恢复其家赞阝国公旧封，迁任益州道行台左仆射。党项引导吐谷浑入寇松州，下诏窦轨与扶州刺史蒋善合前往援救。善合先期到达，败贼于钳川。窦轨进军至临洮，攻击左封，破其部众。窦轨预料羌人必为祸患，开始屯田于松州。不久下诏窦轨率领所部兵马随同秦王讨伐王世充。第二年返回蜀地。
窦轨既贵之后，治军更加严酷，但能身自勤苦，每逢临敌出战，多日身不解甲，其部下如不用命随即诛死，虽犯小过也要遭受鞭打，流血满地，见此情景的人无不侧足发抖。由此蜀中盗贼全都平定。起初，窦轨用其外甥为心腹，曾在夜间外出，呼他而不按时前来，便把他斩首示众。又告诫家奴不得外出，他曾派家奴取浆于官府厨房，随即改悔。说：“只好借你的头来申明法令了。”便下令斩杀其奴，其奴大喊冤枉，监刑官员犹豫而未按时处决，窦轨一起予以斩决。后来入朝进见，赐坐御榻之前，容貌不庄重，又坐着对诏，高祖发怒说：“您入蜀时，车骑、骠骑随行者有二十人，您斩杀殆尽，我也是出身于陇西的车骑将军，还对付不了您吗？”因而逮入诏狱。不久就释放出来，派他还镇益州。
窦轨与行台尚书韦云起、郭行方素来不相友善，到隐太子被杀时，有诏书下达益州，窦轨将诏书藏于怀中，云起询问诏书何在，窦轨不肯给他看，反而逮捕他要加以杀害。行方恐惧逃奔京师，方才免难。这一年，行台被撤消，窦轨任职为益州都督，加封食邑六百户。
贞观元年(627)，征召入京，授职右卫大将军，后出任洛州都督。洛阳一带因隋末丧乱，人多浮伪而不务农，窦轨下令各属县，凡属游手好闲者一律加以处罚，由此威信大行，人民纷纷趋赴本业。
去世后，赠予并州都督。
其子奉节，娶永嘉公主为妻，历任左卫将军、秦州都督。
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