他母亲去世，来护儿派专人送丧服吊唁，吏属不解地说：“士卒有丧事，将军您从不馈赠，如今为何独去叔宝家慰问？”来护儿说“：他有才能而又勇猛，心志节操完美无缺，哪会久处卑贱的地位呢？”
不久，秦琼随通守张须陀去下邳攻打贼寇卢明月，贼军十余万人，张须陀所领兵马仅敌方的十分之一，坚守壁垒不敢进击，粮草耗尽，打算撤兵。张须陀说“：贼军见我退兵，势必倾巢追击，能有精锐士卒偷袭敌营，必将有利，有谁为我去偷袭？”众人都不回答。惟有秦琼与罗士信奋然承命。于是分给一千精兵埋伏草木丛中，张须陀弃营佯逃，卢明月率全军紧追。秦琼等急攻贼营，堡门关闭无法入内，他便登上城楼拔掉贼军战旗，杀敌数十人，敌营大乱，他迅即破门放进城外伏兵，纵火烧掉贼军兵营三十余处。
卢明月回军奔还，张须陀趁势反击，大败贼军。又与孙宣雅在海曲交战，秦琼率先登城。他因先后立功被提升为建节尉。
秦琼随张须陀在荥阳攻打李密。张须陀阵亡，秦琼率残部依附裴仁基。裴投降李密，李密得到秦琼极为高兴，委任他为帐内骠骑，对他很优待。李密与宇文化及在黎阳作战，中箭落马，几乎丧生，敌军追到，仅秦琼一人抗击护卫而得救。
后来秦琼归属王世充，暂任龙骧大将军。他与程咬金商量，说：“王世充为人多诈，屡屡对下属念叨禁制，是个巫婆，并非治平乱世的明主。”于是相约西行，飞马辞别王世充说：“在下自省不能效力，请让我就此辞行。”贼军不敢迫近，秦琼从此归顺李渊。
高祖李渊派他供职秦王府。秦王李世民对他特别崇敬礼遇。他随秦王镇守长春宫，授官马军总管。美良川一战，打败尉迟敬德，立大功，高祖赏赐他黄金瓶，慰劳他说：“卿不顾妻室儿女来归附我，今又立功，假如我的肉可食用，定当割下给你吃，何况子女玉帛这类身外之物呢？”不久授职秦王右三统军，他在介休打跑了宋金刚，授衔上柱国。随秦王讨伐王世充、窦建德、刘黑闼，他没有一次不率先冲锋鏖战，前无强敌。累积受赏的金银布匹数以千万计，晋封为翼国公。每逢敌军有骁将精兵出入人前大肆炫耀扬威，秦王就派秦琼前去攻取。他跃马挺枪进击于万众之中，无不遂愿，因此很是自负。及至平定隐、巢二地，论功授官左武卫大将军，封给实纳贡赋的食邑七百户。此后，秦琼渐渐称病告老，曾说“：我年轻时成长在戎马生涯中，经历二百余战，多次身受重伤，流血将近数斛，哪能不病呢？”死后赠封徐州都督，陪葬于昭陵。太宗李世民诏令官署雕塑石人石马立在他的墓前，以表彰他的战功。
贞观十三年(639)，改封他为胡国公。
此后四年，朝廷诏令将司徒、赵国公长孙无忌，司空、河间王李孝恭，司空、莱国公杜如晦，司空、太子太师郑国公魏征，司空、梁国公房玄龄，开府仪同三司、鄂国公尉迟敬德，特进、卫国公李靖，特进、宋国公萧蠫，辅国大将军、褒国公段志玄，辅国大将军、夔国公刘弘基，尚书左仆射、蒋国公屈突通，陕东道行台右仆射、郧国公殷开山，荆州都督、郧国公张亮，吏部尚书、陈国公侯君集，左骁卫大将军、郯国公张公谨，左领军大将军、卢国公程知节，礼部尚书、永兴郡公虞世南，户部尚书、渝国公刘政会，户部尚书、莒国公唐俭，兵部尚书、英国公李责力以及秦琼，一并绘像在凌烟阁上。高宗永徽六年(655)，派使臣致祭礼、绘像在凌烟阁的名臣共七人：魏征、高士廉、萧蠫、段志玄、刘弘基、虞世南、秦琼，都是始终著名的人物。
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