陛下以至仁化育四海，怎能因畜产之故，一天杀戮一千五百人呢？”文帝怒目喝斥，屈突通叩头进言说：“臣愿舍身就死，以代替众人死罪。”文帝醒悟说“：我办事不明，竟至于此。现在可免悉达等人死罪，以旌表你的善言。”于是全都减刑论处。其后升任左武卫将军。为官正直奉公，遇有犯法者，虽亲朋好友无所纵舍。
其弟屈突盖任长安县令，也以方正严整而知名。时人为此编出谚语说“：宁食三斗艾，不见屈突盖；宁食三斗葱，不逢屈突通。”
隋炀帝即位时，派他持诏征召汉王杨谅。从前，文帝与杨谅约定，若用玺书召还，验视敕字帝加一点，又与玉麟符合，则就征返回。到这时，发诏书而无验证，杨谅觉察情况有变，盘问屈突通，通回答无所屈服，最终得以返归长安。大业年间，与宇文述一道共破杨玄感，因军功迁任左骁卫将军。秦陇一带盗贼起事之后，授职为关内讨捕大使。安定县人刘迦论造反，聚众十多万人占据雕阴郡。
屈突通调发关中兵马进击。驻军安定县之后，起初不与贼寇交战，军中认为他胆怯。屈突通扬言撤军，而暗地潜入上郡。
贼寇没有察觉，进兵南犯，距屈突通七十里扎营，分兵巡略其地。屈突通趁其不备，夜选精兵袭破其众，斩刘迦论等首级万余，筑起京观于上郡南山，俘获老弱数万人而还。其后隋政日益紊乱，盗贼多有，士无斗志，诸将往往覆军败亡。屈突通所向必定持重而行，虽不大胜，也未战败过。炀帝南巡江都，派他镇守长安。
高祖起兵后，代王派遣屈突通防守河东。高祖数战不克，留兵围城，于是渡过黄河，攻破其部将桑显和于饮马泉。
屈突通大惧，便留下鹰扬郎将尧君素防守河东，打算从武关前往蓝田以援救长安。到潼关时，受刘文静兵马阻拦，相持一月有余。屈突通命令桑显和夜袭刘文静，天明大战，显和纵兵连破两座营垒，仅剩文静一座营垒独存，且兵马数次入垒，短兵相接，文静又被流矢所伤，唐军即将败亡，但桑显和因军士疲惫，传令做饭会食，刘文静因而趁机分兵以充实另外两座营垒。时逢游军数百骑自南山返还，袭击其背后，三座营垒之兵大声呼叫，奋力出击，桑显和兵马溃败而逃，尽数虏获其众。屈突通势急，有人劝他归降，他说：“我受国家厚恩，历事二帝，怎可逃难？只能以死报答了！”常抚摸自己的脖子说：“看来只好为国家受人一刀了！”他训勉士卒必定流泪感叹，所以虽处穷途末路，而部下仍然受他影响而不叛离。高祖派他的家僮往召，他立即下令斩决。不久得知京师平定，家属全都陷没，便留桑显和镇守潼关，率领兵马前往洛阳。既行之后，桑显和前来归降。
刘文静派遣窦琮、段志玄率精骑追击，在稠桑相遇，屈突通结阵抵御。窦琮放其子屈突寿往谕使降，屈突通大叫道：“从前和你是父子，今天却是仇敌！”命令左右射击。桑显和大呼其众说：“京师陷没，各位家属都在关西，为何要往东行呢？”部下全都放下兵器不战。屈突通知道逃脱不了，便下马朝东南方向叩头两次，并哭着说：“臣力尽兵败，对得起陛下。”于是被擒获并送往长安。高祖宽慰他说：“怎么相见得这么晚？”他哭着说：“屈突通不能殉人臣之节，故至此地步，成为本朝的羞辱。”高祖说“：忠臣啊！”放了他，并授职兵部尚书，封为蒋国公，担任秦王行军元帅长史。
随同平定薛仁杲，当时缴获的珍宝器物堆积如山，诸将都争先恐后拿取其物，惟有屈突通一无所取。高祖闻知，说“：清正以奉国，真是名不虚传。”特别赐予金银六百两、缎一千匹。不久担任陕东道左仆射，随同征讨王世充。当时屈突通有两个儿子在洛阳，高祖说：“现在把东征之事交付你，两个儿子怎么办？”屈突通说：“臣已老了，本不能承担重任。但从前陛下释放俘虏，加以恩礼，使臣再生，当时口与心都发誓，要以身许国。今日之行，愿为先驱，两儿如果遇害，本是其命如此，我不会以私情妨碍公义。”高祖感叹道：“守义之士，竟至如此！”到大军围攻洛阳时，窦建德援兵将至，太宗分拨部下的一半交付屈突通，命他与齐王李元吉一道围攻洛阳。王世充被平定，屈突通战功为第一，不久就任陕东大行台右仆射，镇守东都。几年后，招还任刑部尚书。他自认为不熟悉法律条文，一再推辞，于是改任工部尚书。李建成事变过后，重任检校行台仆射，驰赴洛阳镇守。贞观初年，行台撤销，任职洛州都督，晋爵左光禄大夫。第二年去世，时年七十二岁，赠官尚书左仆射，谥号为忠。后来下诏配飨太宗庙廷。永徽年间，再赠司空官爵。
二子屈突寿、屈突诠。屈突寿承袭爵位。太宗临幸洛阳，想念屈突通忠节，故任命其少子屈突诠为果毅都尉，赐予粮食丝帛以抚恤其家，后来官至瀛州刺史。诠子屈突仲翔，神龙年间，也任职为瀛州刺史。
起初，桂州都督李弘节也以清廉谨慎知名。去世后，其家出卖珍珠。太宗怀疑李弘节实为贪官，想追坐推举者罪过。魏征说“：陛下错了！当今号称清白至死不变者，惟有屈突通与张道源。屈突通二子应调前来，共骑一马，张道源之子不能谋生。审查其清者不予抚恤，怀疑其贪者加罪于所举之人，这也是好善而不笃厚啊！”太宗说“：我没想这一点。”
于是置之不问。由于这个缘故，屈突通的清廉更为知名。
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