起初，太宗委派王府长史、司马时，必择耿直敢言的人充任，亲王如有过失，都能及时上言。可李佑陷入群小之中，喜好田猎。长史薛大鼎屡谏而不听，太宗认为他辅佐齐王没有成效，免去其职，另选权万纪担任。万纪性情刚烈急躁，用律令约束李佑。有名叫昝君谟、梁猛虎的两个人，因为善于骑射受李佑宠幸。
万纪对他们加以斥责，李佑却私下跟他们戏耍。太宗多次写信责备李佑，万纪害怕一并受罚，便规劝李佑说：“王啊，你是皇上的爱子，皇上想让你悔改，所以多次责备你。如能恭敬谨慎，引咎自责，我愿入朝上奏，皇上的不满情绪是会消除的。”李佑于是上书皇上认错。万纪拜见太宗，说李佑将会改过自新，太宗很高兴，重赏了万纪，而仍责备和告诫李佑。
李佑得知万纪受赏，自己却遭受斥责，认为万纪出卖了自己，更加心怀不平。适逢万纪又因疑虑拘捕了昝君谟等人，并不准李佑离开齐州州城，还把李佑的罪行上报朝廷，李佑非常忿怒。有诏书派刑部尚书刘德威亲临审讯，查出实情。
太宗便召李佑、权万纪回长安。李佑与燕弘亮等人秘谋，射杀了万纪，肢解了他的尸体。左右便劝李佑就此发兵，于是招募城中十五岁以上的男子悉数入伍，私自委任左右上柱国，光禄大夫，开府仪同三司，托东、托西等王，拿出府库资财行赏，驱赶百姓修筑城墙，疏浚护城河，修缮铠甲和兵器。人们都讨厌他，多在夜里缒绳出城，逃往其他地方。
太宗下诏兵部尚书李责力与刘德威调集沿途兵马前去征讨。李佑却日夜领着燕弘亮等五人和他的妃子一道饮酒作乐。谈起官军，弘亮狂妄地说：“大王不必担心，我右手拿着酒喝，左手持刀砍死他们。”李佑宠信燕弘亮，听了很高兴。
这时太宗下手谕李佑说“：我常常告诫你不要接近小人，正是防止今日之事。过去你是我的儿子，今天却是国家的仇敌。
我上惭皇天，下愧后土啊！”写完之后，挥泪派人送去。李佑发檄文号召各县，各县却将此情上奏朝廷。李佑已到穷途末路，只好上表说：“我是皇上之子，遭权万纪谗言陷害，上天降下威灵，让他得到惩罚。我丧心病狂，惊恐慌张，左右又无兵马，就想仓猝而逃，所以倚仗兵器保护自己。”这时李责力的大军还未开到，青、淄等州的兵马业已齐集。有人劝李佑掳掠男女奔往豆子耺为盗，一时计议未定。兵曹杜行敏就趁夜色率兵挖开城墙攻入城内。李佑和燕弘亮闭门抵御，到太阳当顶之时，杜行敏大声喊道：“我为国家讨伐叛贼，如不赶快投降，就要用火来烧！”
军士堆满了柴草，李佑才开门出降，被押送至京师。逼令自杀于内侍省，将他贬为庶人，但仍用国公礼安葬。又下诏免除齐州一年徭役，提升杜行敏为巴州刺史，封为南阳郡公。
李佑喜爱饲养斗鸭，在他未叛之时，野猫咬死斗鸭四十多只，并叼走其头。
事败后，受牵连被杀者正好四十多人。
李佑叛乱时，齐州人罗石头声讨其罪，持刀向前刺杀李佑，因没成功而被杀。这时下诏封赠罗为亳州刺史。
李佑曾率骑兵到村邑巡略，村民高君状对他说：“皇上亲自扫平寇乱，土地甲兵不可胜数。现在你率数千人作乱，如同只手摇撼泰山，怎么对得起你的父皇？”李佑打他并把他抓了起来，但对他的话也感到羞愧，不好意思杀他。事后下诏提拔高为榆社县令。
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