郭衍少年时骁勇英武，善于骑马射箭。周武帝建德中，因军功累迁至仪同大将军。又跟从周武帝平定并州，因功加授开府，封爵武强县公，赐姓叱罗氏。宣政元年(578)，官右中军熊渠中大夫。尉迟迥作乱，跟从韦孝宽讨伐之，因功授上柱国，封爵武山郡公。秘密劝谏隋文帝诛杀周室诸王，早行禅代之事，因此很得隋文帝的亲昵。
开皇元年(581)，郭衍恢复原姓郭氏。突厥进犯边塞，隋文帝任命郭衍为行军总管，率兵屯居平凉。几年间，突厥人不敢进犯边境。征为开漕渠大监。统率所部水利工人，开凿水渠引渭水，经过大兴城往北，再往东到潼关，水道运输四百多里，关中都依赖这条水渠，称之为“富人渠”。开皇五年，郭衍任瀛州刺史，遇到连绵秋雨，发生洪水，所辖各县大部分都被洪水淹没，百姓都爬上高树，依靠大的土冢求生。郭衍亲自准备船只木筏，带着粮食去拯救灾民，许多灾民得到救济。郭衍先开仓赈济灾民，然后才上奏朝廷。隋文帝十分称赞郭衍此举，晋升郭衍为朔州总管。所辖有恒安镇，北与蕃夷接壤，常有转运粮草之劳。郭衍就选土地肥沃的地方，驻扎军队开荒种地作为军饷，每年收获粮食一万多石，免除了人们转运粮草的劳苦。又建筑桑乾镇。这些都符合文帝的意思。开皇十年，跟从晋王杨广外出镇守扬州。适逢江东发生叛乱，命郭衍为总管，先屯兵京口。贵州之南与贼兵交战，大败贼兵。接着讨伐东阳、永嘉、宣城、黟、歙诸处，全都平定乱贼。授任蒋州刺史。
郭衍对下十分傲慢，对上十分卑下。晋王杨广喜爱亲昵他，宴乐赏赐十分丰厚。改任洪州总管。晋王有争立太子之计，把郭衍视作心腹，派遣宇文述将实情告诉郭衍。郭衍大喜，说：“如果谋划的事情成功，晋王自然可以成为皇太子，假如不能成功，亦可依托淮海，恢复梁、陈的形势，割据江南。到时候我就成了皇太子的酒宴之客，谁还能把我怎么样！”晋王于是召见郭衍，暗地里一起计议。郭衍恐怕人们怀疑他无故和晋王来往，假托妻子患有瘿疾，晋王妃萧氏有医术能够治疗。郭衍就把这种情况上奏，文帝听任他和妻子一起到江都，来往没有限制。郭衍又谎称广州俚人造反，晋王就奏请让郭衍领兵征讨。于是，郭衍大肆修治铠甲器械，暗地扩充军队。晋王杨广入宫为太子，征郭衍入京，授职左监门率，转任左宗卫率。文帝将死于仁寿宫，太子和杨素假托皇帝诏令，令郭衍和宇文述统领东宫兵马，兼领上台宿卫，宫门的禁领都由二人决定。文帝驾崩，汉王起兵造反，京城空虚。让郭衍迅速返回京城，统率兵马防守。
大业元年(605)，郭衍任左武卫将军。炀帝巡幸江都，令郭衍统领左军，改任光禄大夫。又跟从炀帝远征吐谷浑，出兵金山道，接受投降之人二万多户。郭衍能够揣度皇帝的意思，阿谀逢迎，顺从旨命，炀帝常常对人说：“只有郭衍的心思与朕相同。”郭衍又曾劝炀帝寻求快乐，五天上一次朝理事，不要效法高祖白白辛劳。炀帝听从他的建议，更加称赞郭衍孝顺。当初，新令施行的时候，郭衍的封爵依照旧例免除。大业六年(611)，因得到炀帝的恩幸依旧封为真定侯。跟从炀帝去江都，死于途中。追赠左大将军，谥号为襄。
长子郭臻，官武牙郎将。次子嗣本，任孝昌令。
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