京城洛阳沦陷，房谟被朱氏任命的建州刺史是兰安定抓获，关在州中的监狱。蜀人听说他被囚禁，一起叛变。是兰安定于是给他一匹瘦弱的马，让他骑上到军前慰劳当地百姓。叛变的蜀人看见房谟，无不远远地叩头拜见。房谟原先骑的那匹马，是兰安定给了他的将士当坐骑。是兰安定失败，当地百姓得到这匹马，都认为房谟已经遇难，无不放声哭泣。他们精心地饲养这匹马，不允许任何人再骑它，妇女儿童都争着喂它草料，都说这是房公的马呀。他就是这样深得百姓的爱戴。朱世隆听到这些情况十分嘉许，原谅了他的罪过，命他为东北道行台。朱氏失败后，洛州刺史侯景认为房谟先归附朱氏，将他作为降官之首。房谟认为自己开始只是受朱荣重用，不应该说自己是最早归附朱氏，因而不满意侯景的这种说法。
神武帝高欢进入京城洛阳，房谟任颍川太守。魏孝武帝被迫西入关内，高欢因房谟忠诚实在，便派他的弟弟房毓为使者，持符节入关慰问。当时军国多事，很不安宁，向百姓征调既多又快，以至出现几个人来征收同一样物品的情况，官府和百姓都受到骚扰。他请求每一样赋税只派一个使者，让下面催征，朝廷听从了他的建议。朝廷命他为丞相右长史，他因清廉正直而被长官知遇。他尽职尽责，凡是自己认为该办的事情，无不尽力去办。朝廷前后赏赐给他的奴仆，他大多都将他们放还。高欢后来赐给他的人口，都先在脸上刺上房字再送给他。高欢讨伐关中，任他兼大行台左丞，长史的职务不变，由他来总领省府的事务。天平三年(537)，高欢让他去管理定州，他请求留在高欢的身边，以便帮助高欢拾遗补缺，坚持请求不去上任，高欢责备了他一番而停止了。
不久，他出任为兖州刺史。选用清廉的官员。广泛地向官吏和百姓施行恩惠，树立威信。下属和各州县的守令犯了过失，他都会知道，那些再细小隐蔽的事情也瞒不过他，百姓们都能安居乐业。又转任为徐州刺史。开始他在兖州，彭城很羡慕他的政治和教化，他任兖州刺史后，全境官员都欢欣鼓舞，异常兴奋。房谟为政有如战国时的瑕丘氏。原先，州兵都被僚佐们随意驱使，忍饥受冻和生病死去的，经常有一千多人。他上任后，对此加以检查约束，不让地方官吏任意役使他们，让他们轮流休假、洗澡。催促主司们亲自检查看望他们。又给他们雇用工匠做衣服，年终允许他们回去探家，将士们无不暖衣饱食，被周全救济的人很多。这时，梁魏通好，梁的使者进入他管辖的区域，都赞叹不已。高欢写给各州刺史的书信中，都叙述房谟以及广平太守羊敦、广宗太守窦瑗、平原太守许季良等人清廉能干，以作为对各守土官吏的劝勉。房谟曾启奏高欢，认为天下仍不宁静，应给有功勋的将领赐赠婚姻，以笼络他们，建议被采纳。东魏因黄河南边的几个州，乡间征收绸绢的情况太滥，规定退掉一匹绢，征收三百钱，老百姓大受其害。房谟上表请求钱和绢都可以接受，百姓想交什么就交什么，朝廷采纳了他的建议。朝廷将他征调到朝中任侍中，监修国史。他没有这方面的才学，常常请求辞去这个官职，未被允许。不久，他兼任吏部尚书，加封为卫大将军。因为儿子房子远的罪过，他被免去官职。过了很久，朝廷才下诏恢复他的将军职衔，起用为大丞相左长史。
后来，任晋州刺史，加封为骠骑大将军，又代理南汾州的政务。早先，这里与西魏接壤，西魏的读书人大多被封为官职，以示笼络并作为防守的力量。房谟任晋州刺史后，西魏的酋长、镇将，以及都督、太守、县令，前后降附的有三百多人。房谟对他们安抚接待得十分周到，人人都乐于为他效命。就是地处偏远险峻的胡人，也都前来归顺。房谟常常拿出自己的俸禄和家里的东西奖赏和馈赠给他们。文襄帝高澄极为赞赏他，允许他用公物送给降服的胡人。西魏对此很是恐惧，又增加了防守的据点。仰慕房谟的义士们自动组织起来，将这些据点打破。从此，龙门以北，西魏戍守的堡垒都被扫平。高澄特赐给他粟一千石，绢二百匹，以昭示天下。他死在晋州刺史任上，州府中的将帅们赠送的物品以及车和牛，妻子都遵照他的遗嘱，拒绝接收。房谟很少有个人的嗜好和欲望，廉洁清白，自守其道；然而经营的家产，相当富裕，平常生活不依靠官俸，所以，世人都说他清白。朝廷追赠他为司空，谥号文惠。
房谟与他的儿子都与卢氏家的女儿结婚，他去世后，妻子卢氏要改嫁到别的人家。有一个平阳人叫廉景孙，从小砥砺自己的志气节操，因精通经书被郡守举荐为孝廉，被房谟器重，这时便向官府诉讼这件事。台府不予理睬。廉景孙便拿着一条绳子到神庙前面向北大声哭喊“：房谟是一个清官，忠诚地侍奉高祖皇帝，他死了以后，妻子却要改嫁。神灵如果有知，应当帮助他申雪。今天我自尽，到地下去告状。”便要用绳子挂在树上自尽。卫士看见了，将他救下送到他所在的府衙。朝廷被他的忠诚感动，命卢氏女重归房氏家族。
房谟的前妻生的儿子房子远阴险浅薄，房谟很厌恶他。高欢不相信，亲自收养他，命他和自己的孩子一起读书，过了很久才送他回家。后来他与任胄等人谋杀高欢，事情败露，高欢叹道“：知子莫若父，真对啊！”因而奏报天子，说房谟、郑述祖、李道三家，按理应该依法处治。高欢认为房谟立身行事，清正廉洁，行为忠贞谨慎；郑述祖的儿子长大后才和他生活在一起；李道的儿子不是亲生，是抱来寄养的，本不是李氏的骨肉。对这三家，特乞请只惩处罪犯一人。魏孝静帝同意了他的请求。房谟去世后，他的儿子房广继承家业。
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