孝文帝初年，郭祚被举荐为秀才，朝廷对策为上等，被任命为中书博士，转任为中书侍郎，又提升为尚书左丞。稍后，又任给事黄门侍郎。他清廉谨慎，昼夜都不懈怠，孝文帝很赏识他。跟随孝文帝南征，回来后任正黄门。孝文帝去长安，路经渭桥，见一座郭淮庙，问郭祚：“这里供奉的是你的祖宗吗？”他答道：“是我的七世伯祖。”孝文帝说：“先人贤能，后世俊哲，都出在一门。”郭祚说“：过去我的祖先渊博宏通，只侍奉魏文帝；我浅薄卑陋，遇上圣明的君主，自觉十分幸运。”孝文帝下令用由牛、羊、猪做成的最贵重的祭品祭祀郭淮庙，让郭祚自己撰写祭文。不久，他因参与迁都洛阳的筹划，赐爵为东光子。孝文帝曾到华林园，顺便观看过去的景阳山。郭祚建议“：山以仁爱静谧，水因智慧畅流。希望陛下整修这座山。”孝文帝说“：魏明帝因奢侈已失误在前，我为什么还要跟在他的后面学？”郭祚叹道“：真是高山仰止。”孝文帝接着说“：难道不是景行行之吗？”郭祚升迁任散骑常侍，仍任黄门一职。
这时，孝文帝锐意建立典章礼仪，加上铨选九品中正人才，又要迁都，一切都需创立。而不断征讨用兵，朝廷内外都需规划谋略，国家诸事纷繁。郭祚与黄门宋弁帮助孝文帝参谋运筹，根据每个人的才干，委以不同的重任。郭祚负责注释经书，他终于完成了这项辛苦而繁杂的任务。孝文帝因册立冯后的姐姐为昭仪，晚上在清徽后园宴请朝臣。孝文帝举起酒杯赐给郭祚和崔光，说：“郭祚忧劳勤勉于国事，从不欺骗我。崔光温和善良，见闻广博，是我朝儒林的俊秀。不劝他两人喝酒，应当劝谁呢？”他如此被孝文帝看重。一次，孝文帝任李彪为散骑常侍，郭祚入见孝文帝，孝文帝对他说“：我昨天误授给一个人官职。”郭祚说“：圣上的诏书颁发，怎么能允许有差错？”孝文帝沉吟许久说“：我自应受到责备，因为你的责备，我想另授给李彪一个别的官职。”不大一会儿，李彪有奏章送上，说：“伯石辞去公卿，子产很是厌恶。我想得到这个官职已经很久，不敢推辞。”孝文帝叹着气对郭祚说“：你的忠诚进谏，李彪的义正辞严，使我处境两难，不能再作决定。”便不撤换李彪。
孝文帝南征，郭祚以侍中的身份随从，又被任命为尚书，晋爵号为伯。孝文帝去世，咸阳王元禧等人奏请朝廷任郭祚兼任吏部尚书。宣武帝下诏说：奸吏逃避刑罚，就将他发配远方；如果长久躲着不出来，就让他的兄弟代替。郭祚启奏说“：如果因奸吏逃窜，流配他的兄弟，那么罪人的妻子，也应流配。这样，一人犯罪，祸及二家。我认为罪人既然逃跑，只流配他的妻子。逃跑者本人记名永远流配，有病也不免除。这样，奸途就会被堵塞。”宣武帝下诏采纳他的意见，不久，他正式任吏部尚书。郭祚自身廉洁清净，爱惜官位。铨选人才，授予官职时，即使人选合适，也必定犹豫很长时间，然后才下笔批示。下笔时便说“：这人便因此获得富贵了。”因此，事情往往被牵延耽误，因而当时常招致怨言。然而，所选拔的人都量才称职，人们又因此归功于他。
出任为使持节、镇北将军、瀛州刺史。太极殿建成，郭祚到京城朝拜，转任为镇东将军、青州刺史。遭逢荒歉，全境饥饿，郭祚怜爱灾民，多方救济。虽然决断优柔，被人称为繁琐缓慢，然而，地方男女都怀念他的恩泽。他被调入朝廷，任侍中、金紫光禄大夫、并州大中正。
迁任尚书右仆射。当时，议定新的法令，下诏命郭祚与侍中、黄门一起讨论确定。朝廷旧例：令、仆射、中丞骑马，由骑卒传呼入宫，可以到马道。郭祚任仆射，认为这是对皇上不敬重的表现，报告给了宣武帝，朝廷采纳了他的建议。下诏规定，君主在太极殿，大臣入宫，传呼开道至止车门；君主在朝堂，传呼开道至司马门。传呼开道不能在宫廷中进行，就从这里开始。朝廷下诏命郭祚以原来的官职兼任太子少师。他曾随宣武帝到东宫，太子元诩年龄很小，郭祚将一个黄扁瓜瓜送给他。当时，应诏左右赵桃弓与御史中尉王显互为表里，很被宣武帝所倚重。郭祚私下里趋奉他们。诽谤郭祚的人称为“桃弓仆射，黄扁瓜瓜少师。”
他向朝廷奏说“：过去考察官员的标准虽然颁布天下，像我这样愚蠢浅陋，还有不明白的地方。现在，需要确定官员升迁的事由情状，超越官阶的就应该酌量折减。景明初年定的标准，五年才能升一级半。正始年间，已故尚书、中山王元英上奏考察官员的标准，圣旨批道：‘可以以满三年为期限，多余的月数不必计算。’另外，去年因为前两种规定的内容不一样，奏请圣上裁决，圣旨说‘：升迁降免的规定，应按过去制定的制度决断。’现在不知道所说的过去的制度，究竟是指景明时候的，还是指正始时候的？景明时考察官吏的方法，是将东西两省的文武闲官分为三等，经过考核委任官职。而前任尚书卢昶却奏说，上等官员三年升半级。现在的考察标准又分成九等，前后说法不一样，没有一个固定的标准。”朝廷下诏说：“考绩在上中的，可以照顾以前的情况，任职在六年以上的升一级，三年以上的升半级，多余的年月不算。考绩在上下者，可以照顾以前的情况，任职在六年以上的升半级；不满六年的不算，可以算在下一次考察中。考绩在上下者，任职三年升一级。有官衔而无官职的官员的考察，按卢昶上奏的办法。”
不久，加任郭祚为散骑常侍。当时，朝廷下诏营建明堂和国学，郭祚上奏说：“现在，皇家的节仗向西挥动，开辟了岷、蜀一带；军队东进，平定了淮、荆大片土地；汉、沔之间，仍需加强防御。征集兵士和军需，既多且广；边境的许多堡垒，战火不断。不可以在战争频繁之际大兴土木。况且现在又是一年伊始，春耕即将开始。我认为应等到丰收和平的年份，根据物力人力再动工，很快就会建成。”朝廷同意他的意见。
宣武末年，郭祚经常被召入东宫，朝廷常秘密地给他许多赏赐，多达一百多万，还有许多贵重的丝绸锦绣。又赐给他剑和杖，恩宠深厚。升任为左仆射。原先，南梁将领康绚把守淮河，准备决堤淹灌扬州、徐州。郭祚上表说：“南梁的君主萧衍太狂妄，擅自截断河流，祸害百姓，这是他灭亡的征兆。应命扬州选一员猛将，率领本州兵马奔赴浮山，内外夹攻梁军。”朝臣们经过讨论同意他的建议，任他为使持节、散骑常侍、都督、雍州刺史、征西将军。
太和年以前，朝廷法纪严厉峻刻，大臣一有差失，便招致灭族杀身。李冲管理朝政，钦佩郭祚的才干见识，举荐他为左丞，又兼任黄门，他因此便感到满足。常常谈起自家是孤门独姓，早年经过崔浩案件的牵连，时常忧虑危机存亡，苦苦述说，辞色恳切，发自内心。李冲对他说“：人生自有命运安排，不是能逃避得了的。但是，当官应该明白畅达，有什么可怕的？”此后十多年，官位隆重，而上达进取之心，毫不松懈。他又靠东宫太子师傅的资格，辞去尚书的职务不干，志向在于获得封侯的赏赐，仪同的爵位。尚书令、任城王元澄替他奏闻朝廷。等到被封为征西将军、雍州刺史，虽喜得外任，却因封号不优隆，期望更大。执政大臣们颇感奇怪。
当时，领军于忠恃宠骄傲狂纵，崔光等人曲意奉迎。郭祚对他们非常厌恶，便派自己的儿子，太尉从事中郎郭景尚劝说高阳王元雍，把于忠调出朝廷，到州郡任职。于忠听了十分恼怒，假借皇帝的诏命把郭祚杀害。
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