明元帝即位，追念他过去的功勋，封为正直将军、相州刺史。受饥荒的胡人刘武等聚众叛乱，明元帝让叔孙建用以前的封号，为假安平公，率领公孙表等讨伐刘武。斩首一万多级，其余的人逃跑，跳入沁河而死，河水因而断流。
晋将刘裕北伐姚泓，派他的部将王仲德当先锋，准备进逼滑台。兖州刺史尉建率领的部众弃城渡河。王仲德因而占领滑台，并且大肆宣扬说：“晋国本来想用七万匹布帛向魏国借道，想不到魏国的守将就这样弃城而逃。”明元帝知道后，下诏让叔孙建渡过黄河显示军威，斩了尉建，将他的尸体扔进黄河。同时，喊王仲德的兵士答话，责问入侵疆域的罪责。
不久改任广阿镇将，威名显耀。过了许久，任命他使持节、都督前锋诸军事、楚兵将军、徐州刺史。率领军队从平原渡河，攻下青、兖诸郡。进而东进青州，包围宋国刺史竺夔于东阳城。宋国派将军檀道济、王仲德援救竺夔，叔孙建未能攻克青州而回兵。因为功勋而被赐为寿光公。他又跟汝阴公长孙道生渡河南下，王仲德等从清河入济水，东走青州。太武帝因叔孙建威震南方，宋人害怕，便任命他当平原镇大将，封为丹杨王，加征南大将军。
早些时候，魏国挑选幽州、易州以南地区的兵士聚集在黄河上，一路攻打洛阳，一路进攻滑台。宋将檀道济、王仲德救援滑台，由叔孙建和汝阴公长孙道生前往迎击。叔孙建分兵夹攻，派轻骑兵在宋兵前后拦击，烧毁敌军粮草，断绝敌人粮道。檀道济军队饥饿难忍，叛逃者络绎不绝。于是，安颉等得以攻克滑台。
叔孙建沉着机灵多智谋，东西征讨时，经常为主谋。他治军严格，号令严明。又注意处理好各种人际关系，礼贤下士。在平原镇十多年间，安定感化内外民众，在边境上很有声誉。魏初名将里，很少有人比得上他。南朝也害怕他的军威和谋略，停止入侵青州和兖州。
太延三年(437)去世，享年七十三岁。谥为“襄”，赐葬于金陵。
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