宣武帝初年，改任冀州刺史。元雍在这两个州时，都略有些声望，朝廷召回担任司州牧。皇帝时常到元雍家去，都是依照家人的礼节。升为司空，转任太尉，加侍中。不久又任太保，兼领太尉，侍中如旧。
明帝初年，诏令元雍进入宫廷，住在太极殿西柏堂，以便随时商议和处置重大朝政问题。配给亲信二十人。又下旨任命元雍为宗师，加封太傅、侍中，兼领太尉公。另外又下令把将作营里的国子学寺拨给元雍居住。当时领军于忠专权胡作非为，仆射郭祚劝元雍把他放到外面去，于忠假传旨意杀掉郭祚和尚书裴植，废黜元雍，让他以王爵回家闲居。朝中如有大事，派黄门到他家询问意见。不久，于忠又假传诏书打算杀死元雍，他询问侍中崔光，崔光表示反对，这才作罢。不久，灵太后又临朝听政，将于忠派出去担任冀州刺史。元雍上表揭露于忠的罪状，说明自己没能加以纠正，请求仍放回家去。灵太后感激于忠有保护她的功绩，不再追究于忠的罪行。任命元雍为侍中、太师，兼领司州牧。
元雍上表请求不让王公以下官员的小妾穿戴织成的锦绣服饰、金玉珠玑，违反的人以违抗旨意论处，奴婢都不能穿绫锦采结的衣服，只能用没有文采的缦缯而已。奴仆只能穿布衣服，一律不能用金银制成的钗带，违反的鞭打一百下。灵太后听从他的意见，但维持的时间不长。朝廷又下诏让元雍乘坐人抬的步挽进出宫殿的边门，又以原来的官职兼录尚书事，早晨和午后担任侍讲。
明帝亲理朝政后，诏令元雍乘车出入于大司马门，晋位为丞相。又下诏依照齐郡顺王简在太和年间旧例，朝见完毕后请他坐下，特别优待有关拜跪的礼节。总管内外大事，和元叉一起处置日常政事。每年的俸禄高达四万石，妓妾满房，荣华富贵之极，他的兄弟们没有人能够比得上他。
元雍的第一位妻子卢氏去世之后，他又娶了博陵崔显的妹妹，准备将她作为王妃。宣武帝开始时认为崔显被世人称为东崔，祖籍地气寒冷，名望低下，不想同意，过了很久，也就允许了。延昌以后，他又疏远和遗弃崔氏，将她关在另外的房间里，仅仅供给她衣服和食品而已。不久，崔氏突然死去，许多人都说是被元雍殴打致死的。灵太后答应赐给他女妓，还没来得及送去，元雍便派他手下的宦官丁鹅，自行来到宫中，挑选了四个人，谎称有旨将她们带回元雍府第。太后责备元雍擅自专权，追令停止使用。
孝庄帝初年，在河阴遇害。追赠假黄钺、相国，谥为“文穆”。
元雍见识短浅，又不读书，虽然位居朝官之首，却不被世人所推崇。自从熙平之后，朝政大权旁落。当清河王元怿死后，元叉专制朝政，天下人都归罪于元雍。
元雍的嫡子元泰，字昌，颇有声名，任太常卿，跟元雍同时遇害。追赠太尉公、高阳王，谥为“文”。他的儿子元斌袭爵。
元斌，字善集，历任侍中、尚书左仆射。元斌仪表俊美，性情宽和，当官谨慎自重，很受齐文襄帝的赏识。齐天保初年，依照规定降爵为高阳县公，任右光禄大夫。天保二年(551)，跟随文宣帝讨伐契丹，回兵至白狼河时，因罪被赐死。
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