二十年(1387)，蓝玉又以征虏左副将的身份随大将军冯胜出征纳哈出，临时驻扎通州。当得知庆州有元兵驻屯后，蓝玉冒着大雪，率轻骑突袭，大败元军，杀元平章果来，擒获其子不兰溪而归。然后会合大军进至金山，纳哈出派使者到大将军营表示其投降的诚意，蓝玉前往受降。纳哈出率数百骑前来，蓝玉大喜，以酒招待。纳哈出酌酒以答谢蓝玉，蓝玉便脱下衣服给纳哈出穿上，并说“：请穿上这件衣服再喝吧。”纳哈出不肯穿，蓝玉也不饮酒，双方争让良久。纳哈出便将酒洒在地上，并对其部下发出咄咄之语，想要脱身离去。郑国公常茂当时在座，便直接上前，将纳哈出砍伤，都督耿忠将其捉拿，押去见冯胜。纳哈出部下惊恐溃散，冯胜派降将观童招降溃众。还军至亦迷河时，将纳哈出的余部全部降服。这时正遇冯胜获罪，太祖没收其大将军印，命蓝玉暂以总兵管事，随即又在军中拜蓝玉为大将军，移驻蓟州。
当时顺帝之孙脱古思帖木儿即位，经常骚扰塞上。二十一年(1388)三月，太祖命蓝玉率军十五万出兵征讨，大军出大宁，进至庆州，探知元主在捕鱼儿海，蓝玉便抄近路星夜兼程赶到百眼井，此地离捕鱼儿海四十里，仍不见敌兵，蓝玉想引兵返回。定远侯王弼说“：我们率军十多万人，深入漠北，毫无所获，就这样班师回朝的话，我们怎么去向皇上复命呢？”蓝玉说“：对呀。”便下令军队穴地而居，不见烟火，乘夜赶到捕鱼儿海南边。当时敌营还在海东北八十余里处，蓝玉命王弼为前锋，率骑兵迅速逼近敌营。敌人以为明军缺乏水草，不能深入，故未加防备，加上大风扬起沙尘，白天都看不见什么。所以，明军的行动，敌军毫无察觉。王弼率军突然冲至敌营前，元军大惊，仓促迎战，大败，太尉蛮子等被杀，其部众皆降，仅元主与太子天保奴等数十骑逃走。蓝玉派精锐骑兵追击，但未追上，仅俘获其次子地保奴、妃嫔、公主以下百余人，后又追获吴王朵儿只、代王达里麻及平章以下官属三千人、男女七万七千余人，以及宝玺、符敕、金银印信等物品，马、驼、牛、羊十五万余头，并焚毁其甲仗蓄积无数。捷报奏传至京，皇帝大喜，赐诏奖励慰劳，将蓝玉比作卫青、李靖。蓝玉又攻占哈剌章营，获人、畜六万。班师回朝，晋升为凉国公。
第二年，蓝玉受命督修四川城池。二十三年(1390)，施南、忠建二宣抚司南蛮反叛，蓝玉奉命前往讨平。接着又平定都匀安抚司散毛诸洞，被加禄五百石，奉诏还乡。二十四年，朝廷再命蓝玉统领兰州、庄浪等七卫兵，追讨逃寇祁者孙，于是攻取西番罕东之地，当地首领哈昝等逃遁。时逢建昌指挥使月鲁帖木儿反叛，蓝玉又奉命率军征讨，当蓝玉率军赶到时，都指挥瞿能等已大破其众，月鲁逃往柏兴州。蓝玉乃派百户毛海诱捕月鲁父子，送往京城处死，又尽降其众。因此请求增设屯卫，太祖下诏许可。蓝玉复请征当地百姓为兵，讨伐朵甘、百夷，太祖下诏不许，蓝玉便班师回朝。
蓝玉身长面赤，有勇有谋，有大将之才。中山、开平二王死后，蓝玉多次统领大军，也多次立功，朱元璋对其优礼有加。蓝玉便日渐恣意骄横，蓄养了许多庄奴、义子，乘势横行霸道。蓝玉曾强占东昌民田，被御史查问，蓝玉大怒，将御史赶走。蓝玉北征南返时，夜抵喜峰关，守关官吏没能及时开门接纳，蓝玉便纵兵毁关，破门而入，皇帝闻知，很不高兴。
又有人说他与元主的妃子有私，致使元妃羞愧自杀，皇帝为此切责蓝玉。当初，朱元璋本欲封蓝玉为梁国公，因蓝玉有这些过失，便将梁字改为凉，并命人将这些过失刻在世袭的凭证上。蓝玉犹不改过，侍奉皇上酒宴时口出傲语，军中将校升降进退，大权操于他一人，朱元璋多次责备他。蓝玉西征返回后，被封为太子太傅，蓝玉不愿位居宋、颍两公之下，说：“我难道不能做太师吗！”此后上奏言事，朱元璋大多不采纳他的建议，蓝玉越发怏怏不乐。
二十六年(1393)二月，锦衣卫指挥蒋王献告发蓝玉谋反，蓝玉被交吏部审讯。狱辞上说：“蓝玉伙同景川侯曹震、鹤庆侯张翼、舳舻侯朱寿、东莞伯何荣及吏部尚书詹徽、户部侍郎傅友文等合谋，将借皇上举行田礼之机举事谋反。”证据确凿，被族诛。列侯以下被牵连处死者不可胜数。皇上亲自下诏布告天下，然后将所列罪状编写成《逆臣录》。到了九月，皇上才下诏说道：“蓝贼为乱，阴谋败露，被族诛者达一万五千人。自今日起，胡党、蓝党之徒一概赦免，不再追究。”胡即指丞相胡惟庸。这样一来，明朝开国元勋、名臣宿将相继死去。被列入《逆臣录》者，共有一公、十三侯、二伯。叶升在此之前已获罪被诛，胡玉等小侯都载在他处。而曹震、张翼、张温、陈桓、朱寿、曹兴等六侯，则附于下面。
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