余阙年少就丧父，以收授门徒来赡养母亲，平时与吴澄弟子张恒交游，文学造诣日进。元统二年(1335)，赐进士及第，授同知泗州事。
余阙在任职期间，为政严明，新旧官吏都谨慎从事。在泗州不久，奉诏回京，授翰林文字，后又转任中书刑部主事，因不阿谀权贵而弃官归家。不久朝廷修辽、金、宋三史，余阙奉诏再入翰林院为修撰，后拜监察御史，改中书礼部员外郎，出任湖广行省左右司郎中。莫徭蛮反元，朝廷命右丞沙班率军去镇压，但他坚持不肯去，无人敢责备他。余阙说：“右丞应当去，你受天子之命为方面重臣，不愿出兵讨贼，是想图安逸吗？右丞当往。”沙班说：“郎中的话固然是对的，但粮草不足怎么办？”阙曰“：右丞放心地去，粮草的事并不难。”他下令三日备齐，沙班出师。接着召余阙为集贤经历，又调任翰林待制，出任佥浙东道廉访司事。因母亲去世，回庐州服丧。
河南反元势力兴起，攻陷郡县。至正十二年(1352)，行中书省设于淮东，改宣慰司为都元帅府治理淮西，起任阙为副使、佥都元帅府事，分兵守安庆。当时南北音信隔绝，乏兵乏食，余阙赴任仅十日反元义军就来进攻，被击退。为解决乏兵乏食之忧，他召集官吏和诸将商议屯田与战守之计，决定在周围建立堡寨，选精兵御敌于城外，屯田于辖区之内。所属飅山县八社，土地肥沃，均用来屯田。第二年，大闹春荒，人相食，余阙将其俸禄用来买米施粥，赈济灾民。有数万百姓失业，均得到安置。他请求中书省拨钞三万锭，赈济灾民。升为同知副都元帅。至正十四年秋天旱，反元义军占据石荡湖，余阙出兵讨平，命百姓于该湖中捕鱼而交纳鱼租。十五年夏大雨，江水上涨，屯田被淹，经抢救才使秋粮有收，得粮三万斛。阙在治军之余，注意兴修水利。不久升为都元帅。
广西猫军五万人随元帅阿思兰沿长江至庐州，余阙认为不应当让猫军入内地，朝廷诏令阿思兰退回原地。当时反元势力四面兴起，余阙提调各路军马，确保江淮，论功，拜江淮行省参知政事，仍镇安庆。池州反元义军赵普胜率众来攻城，连战三日败走，不久又来攻，两军相持二十天才退走，怀宁县达鲁花赤伯家奴战死。
至正十七年，赵普胜同青军两路进攻，余阙与他们相持月余，赵等败走。是年秋，拜余阙为淮南行省左丞。安庆以小孤山为屏障，余阙命义军元帅胡伯颜统水军戍守。十月，沔阳陈友谅自上游直捣小孤山，胡伯颜抗战四天四夜不能胜，陈友谅军直趋安庆。追至山口镇，十一月三日至安庆城下。余阙派兵扼守观音桥。忽然饶州祝寇攻西门，为阙击退。十一月五日，陈友谅等由东门登城，余阙拼力抵抗，敌退去。八日，陈、祝两军合力攻东西二门，又被击退。十日，又攻，金鼓声震天地，阙分兵把守，昼夜不息。十八年正月初四，敌增兵攻东门。初七，反元义军四集，普胜攻东门，友谅攻西门，祝寇攻南门，安庆城外，余阙无一援兵，西门形势尤其危急。阙身先士卒提戈抗敌，士卒并拼死力战。战争激烈，余阙身受创十余。日中城陷，余阙知大势已去，便引刀自杀。阙之妻耶卜氏，子德生、女福童皆投井死。同殉难诸将守臣共十八人。
余阙治军号令森严，与下级同甘共苦，如军士稍有违令者即处斩。阙每因病不能视事，将士皆为他祈祷，甚至愿以身代他病死。阙闻知勉强而出。每次出战，当箭石乱下如雨时，军士们执盾牌为他挡蔽，余阙说：“你们也有命，为何为我挡箭。”平时有空闲，即注《周易》，率诸生到郡学会讲，令军士立门外听讲，使他们也知尊君亲上之义，确有古良将之风度。有人拉他入翰林院，他以国难当头，不肯去，素有忠心报国之志。他甚留意于儒家学说，传注《五经》。其文有气魄，诗体崇尚江右风格，推崇鲍照、谢灵运、徐陵、庾信等大文学家。其篆书、隶书亦古雅可传于世。
余阙死时年方五十六岁。朝廷赠摅诚守正清忠谅节功臣、荣禄大夫、淮南江北等处行中书省平章政事、柱国，追封豳国公，谥忠宣。余阙阵亡，尸体落入清水塘中。义军将他打捞起来，具棺木葬于安庆西门外。后大明皇帝嘉奖余阙之忠，诏立庙于“忠节坊”，命当地官府每年去祭奠。
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